Sotto l’attuale Basilica di San Clemente, scendendo sino ad una profondità di circa 12 m dall’attuale piano stradale, si possono visitare i resti di due edifici romani, separati tra loro da uno stretto vicolo. Si tratta di un grande edificio con funzione commerciale del I sec. d.C., con stanze aperte su di un grande cortile centrale, e di una casa unifamiliare di alto livello. Fra la fine del II e gli inizi del III sec. d. C. i due edifici furono ristrutturati e nella casa fu realizzato un Mitreo, cioè il luogo di culto di una religione misterica, diffusa nell’Impero Romano sin dal I sec. a. C. Questo culto, di origine persiana, era incentrato sul Dio Mitra, nato da una roccia e destinato a redimere il genere umano. Tra fine Ive inizi V sec. d.C. i muri dei due edifici furono parzialmente riutilizzati per costruire una basilica paleocristiana, dedicata a San Clemente, terzo papa dopo San Pietro. Alla sommità di questa lunga sequenza di interventi troviamo la chiesa attuale, costruita nel XII sec., che contiene numerosi capolavori artistici di età medievale. Fra questi ricordiamo l’abside, decorata a mosaico (XII-XIII sec.) con l’Albero della Vita che si sviluppa dalla Croce di Cristo, la recinzione liturgica, realizzata riutilizzando lastre in marmo del VI sec., e la Cappella di Santa Caterina. Quest’ultima fu affrescata fra il 1423 e il 1431 da Masolino da Panicale, con storie della vita di Santa Caterina d’Alessandria e di Sant’Ambrogio. Nella parete di fondo domina una straordinaria Crocifissione.